是出于政治目的还是其他原因，港澳作为特别行政区 特区护照应该可以使用地区代码吧？

以香港特区护照为例说明：

1.香港特区护照（以下简称“特区护照”）的签发法律依据为《中华人民共和国香港特别行政区基本法》第154条，“ 中央人民政府授权香港特别行政区政府依照法律给持有香港特别行政区永久性居民身份证的中国公民签发中华人民共和国香港特别行政区护照”。所以，尽管香港入境事务处具体承担了特区护照的受理和签发工作，但实质是代替国务院在港实施该权力。基于此，特区护照属于中华人民共和国护照种类之一，其资料页国家代码写CHN是符合上述法律的。
外交部关于中国护照/旅行证的介绍中，包含有特区护照：

2.根据ISO全球国家/地区代码的规则，HKG是”HongKong，China“的缩写，意为中国香港，其国家代码也应当为中国，写CHN是规范表述。

因此，以上为法律方面的原因。澳门特区护照与上述原因类似。

特区护照护照持有人栏目“国籍”和护照“签发国”为栏目均为中国 这中间既体现了中央政府对于香港、澳门特别行政区的主权和治权又涉及到“一国两制”大背景下香港和澳门特别行政区国籍制度和内地的区别。

香港特别行政区护照样本

澳门特区护照样本

下边具体讲讲为什么这样:港澳作为中华人民共和国所管辖的特别行政区，并非是具有主权国家地位的政治实体【类似的还有英国的马恩岛、开曼群岛】

补个图英国海外公民护照，签发国一样标准为【GBR】

英国海外领地护照，大图打不开，有兴趣的同学可以自己去wiki 看看

根据基本法确立的原则和特别行政区现行法律规定，特别行政区对外只能根据中央政府授权以主权国家也就是中国【CHN】的名义，受中央政府委托澳门身份证明局/香港入境事务处签发旅行证件。

澳门和香港还有比较特别一点，因为历史遗留和现实需要问题 根据【全国人民代表大会常务委员会关于《中华人民共和国国籍法》在澳门特别行政区实施的几个问题的解释】和【澳 門 特 別 行 政 區第8/2009號法律:澳門特別行政區旅行證件制度】

凡具有中国血统但又具有葡萄牙血统的澳门特别行政区居民，可根据本人意愿，选择中华人民共和国国籍或葡萄牙共和国国籍。确定其中一种国籍，即不具有另一种国籍。上述澳门特别行政区居民，在选择国籍之前，享有澳门特别行政区基本法规定的权利，但受国籍限制的权利除外。

香港类似法例不在放出以节约空间

虽然他们是澳门/香港的永久居民但并非中国公民，不能获颁特区护照。只能使用香港特区身份证明书或者澳门旅行证作为旅行证件。【特此感谢知友 @王宇强 的提醒】

所以再以出生地和国籍分别标注予以区别。

贴特区护照资料页的图就明白了：

代码上方的标题是“签发国代码”，那就只能是CHN了。其他国家也有类似的写法，例如日本护照写的是“发行国”、新加坡是“Country Code" ；英国和欧盟倒是只有一个"Code"字。

芬兰奥兰群岛的护照只有封面显示为群岛护照，其余和芬兰护照没有区别

香港澳门护照虽然有很多签证便利，但仍然是中国护照，持有人具有中国国籍。

香港人又不是只有一本護照。即使特區護照出境，一般入境卡也會寫“HKG”.

基於大多數國家給予香港同中國大陸不同的出入境政策，一般也會自動默認香港人為HKG .